La culture de la vigne dans le Jura est très ancienne. On en retrouve des traces écrites dans le livre d'histoire naturelle de Pline le Jeune dès l’an 80. On suppose son origine encore plus ancienne.
En 1732, le nombre de cépages autorisés dans la conception du vin du Jura est limité par décret, ce qui entraîne la disparition des vignes produisant les cépages devenus prohibés. Cette réglementation a pour effet d'amener le vignoble vers une production plus qualitative.
De la Révolution jusqu’à la fin du XIXème siècle, le vignoble se développe continuellement : les propriétaires, nobles et ecclésiastiques, occupent la plupart des sites viticoles et contribuent à leur développement. Le vignoble n'échappe pas à l'invasion du phylloxéra, qui atteint le Jura en 1879. Le vignoble est détruit.
Et c'est un jurassien, du nom d'Alexis Millardet qui posera les principes du greffage des plants sur souches américaines, et qui sauvera l'ensemble de la vigne française.
Au début du XXème siècle, alors que les appellations d'origine contrôlée n'existent pas encore, les vignerons d'Arbois cherchent déjà à différencier leurs vins, et à les singulariser, notamment en défendant leur origine. Ils obtiennent donc en 1906 un certificat d’origine garantissant la provenance des vins et de protéger ainsi la marque "vin d’Arbois".
En 1936 et 1937, le Jura obtient 4 Appellations d’Origine Contrôlées : Arbois, Château-Chalon, l’Etoile et Côtes du Jura. Les AOC pour le Macvin et le Crémant du Jura seront obtenues respectivement en 1991 et en 1995.
En 1970, la vigne ne représente plus que 8% de la surface agricole. Des 20 000 hectares à la fin du XIXème siècle, le vignoble jurassien n'en exploite plus qu'environ 2 000.
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